Το Πρωτοδικείο Ρεθύμνης συστάθηκε την 1 Μάιου 1914 ως πρωτοβάθμιο δικαστήριο με έδρα το Ρέθυμνο.  

Στεγάζεται στον 1ο όροφο του Δικαστικού Μεγάρου επί της  οδού Μεγάλου Αλεξάνδρου 1.

Σήμερα στο Πρωτοδικείο Ρεθύμνης υπηρετούν συνολικά 8 Δικαστές: 2 Πρόεδροι Πρωτοδικών, εκ των οποίων ο αρχαιότερος εκτελεί καθήκοντα Διεύθυνσης του Πρωτοδικείου, 5 Πρωτοδίκες και 1 Πάρεδρος.

Στις υπηρεσίες του Πρωτοδικείου απασχολούνται 14 Δικαστικοί Υπάλληλοι.