Το Πρωτοδικείο Ρεθύμνης συστάθηκε την 1 Μάιου 1914 ως πρωτοβάθμιο δικαστήριο με έδρα το Ρέθυμνο.  

Στεγάζεται στο ισόγειο και στον 1ο όροφο του Δικαστικού Μεγάρου επί της  οδού Μεγάλου Αλεξάνδρου 1.

Σήμερα στο Πρωτοδικείο Ρεθύμνης υπηρετούν συνολικά 14 Δικαστές: 2 Πρόεδροι Πρωτοδικών, εκ των οποίων ο αρχαιότερος εκτελεί καθήκοντα Διεύθυνσης του Πρωτοδικείου, 5 Πρωτοδίκες Γενικής Επετηρίδας, 6 Πρωτοδίκες Ειδικής Επετηρίδας και 1 Πάρεδρος.

Στις υπηρεσίες του Πρωτοδικείου απασχολούνται 27 Δικαστικοί Υπάλληλοι.